新加坡EP签证持有者申请日本签证相比其他国家的签证持有者来说，流程相对简单，成功率也比较高。这是因为新加坡和日本之间有着密切的经济、文化联系，两国之间的签证政策相对友好。但是，即便如此，申请者在申请日本签证时还是需要注意以下几个方面。

首先，新加坡EP签证持有者在申请日本签证时，需要准备好以下材料：

1. 护照：有效期内的护照，至少有一页空白签证页。
2. 照片：近期拍摄的2寸白底彩色照片一张。
3. 表格：填写完整的日本签证申请表。
4. 在职证明：由新加坡雇主出具的在职证明信，需注明申请人的职位、薪资、入职时间以及批准休假的日期。
5. 财力证明：提供近3个月的银行对账单、工资单等证明申请人有足够的经济能力承担在日本的费用。
6. 住宿证明：提供在日本的住宿证明，如酒店预订确认单或亲友邀请信等。
7. 旅行计划：提供在日本的旅行计划，包括行程安排、交通预订等。

其次，申请者在申请日本签证时需要注意以下几点：

1. 提前申请：由于签证审核需要一定的时间，申请者应提前至少一个月开始准备签证材料，并尽早提交申请。
2. 确保材料真实：申请者提交的材料必须真实有效，不得有任何虚假信息。一旦发现虚假材料，将可能导致签证申请被拒绝。
3. 遵守日本法律法规：申请者在日本逗留期间，需遵守日本的法律法规，不得从事任何违法活动。
4. 携带足够资金：申请者在日本逗留期间，应确保携带足够的资金，以应对可能的紧急情况。
5. 注意签证有效期：申请者需注意签证的有效期，避免签证过期在日本的非法逗留。

此外，新加坡EP签证持有者在申请日本签证时，还需关注以下特殊事项：

1. 如果申请者在新加坡的工作签证即将到期，可能需要提供工作签证续签证明。
2. 如果申请者是首次申请日本签证，可能需要进行面试。
3. 申请者如果在过去五年内曾去过日本，且签证记录良好，有助于提高签证通过率。

新加坡EP签证持有者在申请日本签证时，只要准备好相关材料，注意以上事项，成功获得签证的概率还是比较高的。祝您签证顺利，旅途愉快！